AT1G05990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.772 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : EF hand calcium-binding protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
EF hand calcium-binding protein family; FUNCTIONS IN: calcium ion binding; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: root hair; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Parvalbumin (InterPro:IPR008080), EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), EF-hand (InterPro:IPR018248); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Calcium-binding EF-hand family protein (TAIR:AT2G43290.1); Has 27146 Blast hits to 18777 proteins in 1639 species: Archae - 2; Bacteria - 228; Metazoa - 11784; Fungi - 5059; Plants - 5970; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4103 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1818588..1819040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16957.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 150 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDPTELKRVF QMFDKNGDGT ITGKELSETL RSLGIYIPDK ELTQMIEKID VNGDGCVDID EFGELYKTIM DEEDEEEEDM KEAFNVFDQN GDGFITVDEL 101: KAVLSSLGLK QGKTLDDCKK MIKKVDVDGD GRVNYKEFRQ MMKGGGFNSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)