AT1G05890.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.983 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ARIADNE 5 (ARI5); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C6HC-type (InterPro:IPR002867), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: IBR domain-containing protein (TAIR:AT2G31510.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1779631..1784166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67385.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 594 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSDDDMHDM DSVDYDYYSG GTYDDNDSDE TDFGFGEADT DDAAIIASYR SKVASILVSC FGLLLQRWRM LEAVFCLFVC FFFFGLRLLL YSCNSNYVVL 101: KEEDIRRHQN DDVGRVSAVL SITDVEASTL LLHYHWSVSK VNDEWFADEE RVRRTVGILE GPVVTTPDGR EFTCGICFDS YTLEEIVSVS CGHPFCATCW 201: TGYISTTIND GPGCLMLKCP DPSCPAAIGR DMIDKLASKE DKEKYYRYFL RSYVEVNREM KWCPAPGCEH AIDFAGGTES YDVSCLCSHS FCWNCTEEAH 301: RPVDCDTVGK WILKNSAESE NMNWILANSK PCPKCKRPIE KNHGCMHMTC TPPCKFEFCW LCLNAWTEHG ERTGGFYACN RYEAAKQEGL YDEAERRREM 401: AKNSLERYTH YYERWASNQV SRQKAMGDLQ KMQSEKLGKL SDIQCTPESQ LKFIAEAWLQ IIECRRVLKW TYAYGYYLQD HAKKPFFEYL QGEAESGLER 501: LHKCVEKDIE VFELAEGPSE EFNHFRTKLT GLTSITKTFF ENLVKALENG LADVDSQAAS SKPANSKPSS KTKGGGKGKG SSKNGGSSRN PDGN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)