AT1G05250.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Peroxidase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Peroxidase superfamily protein; FUNCTIONS IN: peroxidase activity, heme binding; INVOLVED IN: response to oxidative stress, oxidation reduction; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Haem peroxidase (InterPro:IPR010255), Plant peroxidase (InterPro:IPR000823), Peroxidases heam-ligand binding site (InterPro:IPR019793), Peroxidase, active site (InterPro:IPR019794), Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial (InterPro:IPR002016); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Peroxidase superfamily protein (TAIR:AT1G05240.1); Has 4227 Blast hits to 4200 proteins in 227 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 3; Fungi - 50; Plants - 4133; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 37 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1525924..1527169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35626.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 325 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIKNILALV VLLSVVGVSV AIPQLLDLDY YRSKCPKAEE IVRGVTVQYV SRQKTLAAKL LRMHFHDCFV RGCDGSVLLK SAKNDAERDA VPNLTLKGYE 101: VVDAAKTALE RKCPNLISCA DVLALVARDA VAVIGGPWWP VPLGRRDGRI SKLNDALLNL PSPFADIKTL KKNFANKGLN AKDLVVLSGG HTIGISSCAL 201: VNSRLYNFTG KGDSDPSMNP SYVRELKRKC PPTDFRTSLN MDPGSALTFD THYFKVVAQK KGLFTSDSTL LDDIETKNYV QTQAILPPVF SSFNKDFSDS 301: MVKLGFVQIL TGKNGEIRKR CAFPN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)