AT1G05080.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.836 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FBD (InterPro:IPR013596), F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), FBD-like (InterPro:IPR006566), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein with RNI-like/FBD-like domains (TAIR:AT5G44850.1); Has 1798 Blast hits to 1750 proteins in 26 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1794; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1459091..1460579 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49886.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 439 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEAKIEEIG CEDRISVLPE DLLVVILDLL PTKDVVATMI LSKRWLSIWT MVRTLEYTDD MDDESKKSVW WFLNKSLQLH KAPVIDSLCM ELGPQCPTTD 101: DVDIGKWVAK AVDCLVMTLT IKLLWSAGPT SLPKSLYSCT SLSELTLSDQ ILVNVPSSAY LPSLTELELI CVVYKDEDSL VSFLSSCPVL EFLFVLRKID 201: DNVKTFTVKV PSLLELTYKN LCSDVVDNTD RCLVVNAPAV NTCQITDYSL ESFSIEDMPC LQDATIDVDE AYHPDDKFLT SFSSVLSLRM HLSDAMVMRC 301: TTINFSRLIK LSIYPYGPDM LETLLRLLGN APKLKEFLVD YPSLIASQKF VYNPEDLPWS WKQPSHVPEC LSSQLEIFEW RDYGDRIIEE EFLTYVLANS 401: KRLKTATISL RLNLEDPELI IEEIKDLPRV STTSHLLFK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)