AT1G04100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : indoleacetic acid-induced protein 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Auxin induced gene, IAA10 (IAA10). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
indoleacetic acid-induced protein 10 (IAA10); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: response to auxin stimulus, response to chitin; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aux/IAA-ARF-dimerisation (InterPro:IPR011525), AUX/IAA protein (InterPro:IPR003311); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: indole-3-acetic acid inducible 11 (TAIR:AT4G28640.3); Has 1513 Blast hits to 1512 proteins in 70 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1512; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1059809..1061026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27880.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 261 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNGLQEVCSS SGSVMIGLPA EEDENAAHSS EDSSCPDESV SETELDLALG LSIGRRKVRS SLSSSSSSLT RESGTKRSAD SSPAAASNAT RQVAVGWPPL 101: RTYRINSLVN QAKSLATEGG LSSGIQKETT KSVVVAAKND DACFIKSSRT SMLVKVTMDG VIIGRKVDLN ALDSYAALEK TLDLMFFQIP SPVTRSNTQG 201: YKTIKETCTS KLLDGSSEYI ITYQDKDGDW MLVGDVPWQM FLGSVTRLRI MKTSIGAGVG K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)