AT1G03790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes SOMNUS (SOM), a nucleus-localized CCCH-type zinc finger protein. SOM negatively regulates light-dependent seed germination downstream of PIL5 (AT2G20180). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SOMNUS (SOM); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein (TAIR:AT5G44260.1); Has 3270 Blast hits to 1059 proteins in 150 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 444; Fungi - 30; Plants - 421; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 2372 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:954589..955770 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43616.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 393 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDVVCTEHQM RKPTVEIPPR KLLLSSKSFP SDSSSPRSPR KHNWNKSNKI TSEHEEDNED NNRENKEYCY DSDSDDPYAS DHFRMFEFKI RRCTRSRSHD 101: WTDCPFAHPG EKARRRDPRR FQYSGEVCPE FRRGGDCSRG DDCEFAHGVF ECWLHPIRYR TEACKDGKHC KRKVCFFAHS PRQLRVLPPE NVSGVSASPS 201: PAAKNPCCLF CSSSPTSTLL GNLSHLSRSP SLSPPMSPAN KAAAFSRLRN RAASAVSAAA AAGSMNYKDV LSELVNSLDS MSLAEALQAS SSSPVTTPVS 301: AAAAAFASSC GLSNQRLHLQ QQQPSSPLQF ALSPSTPSYL TNSPQANFFS DDFTPRRRQM NDFTAMTAVR ENTNIEDGSC GDPDLGWVND LLT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)