AT1G02880.3
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.513 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : thiamin pyrophosphokinase1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a thiamine pyrophosphokinase capable of producing thiamine pyrophosphate from free thiamine. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
thiamin pyrophosphokinase1 (TPK1); FUNCTIONS IN: thiamin diphosphokinase activity; INVOLVED IN: thiamin metabolic process; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 6 plant structures; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1-binding domain (InterPro:IPR007373), Thiamin pyrophosphokinase, eukaryotic (InterPro:IPR016966), Thiamin pyrophosphokinase (InterPro:IPR006282), Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain (InterPro:IPR007371); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: thiamin pyrophosphokinase 2 (TAIR:AT2G44750.2); Has 1298 Blast hits to 1296 proteins in 527 species: Archae - 0; Bacteria - 670; Metazoa - 134; Fungi - 134; Plants - 93; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 267 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:643063..644485 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29880.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 267 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSAMDVMIHS SSFLLPCDET STGTRYALVV LNQSLPRFTP LLWEHAKLRL CADGGANRIY DELPLFFPNE DALAIRNRYK PDVIKGDMDS IRRDVLDFYI 101: NLGTKVIDES HDQDTTDLDK CILYIRHSTL NQETSGLQIL ATGALGGRFD HEAGNLNVLY RYPDTRIVLL SDDCLIQLLP KTHRHEIHIQ SSLEGPHCGL 201: IPIGTPSAKT TTSGLQWDLS NTEMRFGGLI STSNLVKEEK ITVESDSDLL WTISIKKTGL SIQDHTP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)