AT1G02880.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.883 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : thiamin pyrophosphokinase1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a thiamine pyrophosphokinase capable of producing thiamine pyrophosphate from free thiamine. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
thiamin pyrophosphokinase1 (TPK1); FUNCTIONS IN: thiamin diphosphokinase activity; INVOLVED IN: thiamin metabolic process; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 6 plant structures; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1-binding domain (InterPro:IPR007373), Thiamin pyrophosphokinase (InterPro:IPR006282), Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain (InterPro:IPR007371); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: thiamin pyrophosphokinase 2 (TAIR:AT2G44750.2); Has 1216 Blast hits to 1216 proteins in 497 species: Archae - 0; Bacteria - 615; Metazoa - 133; Fungi - 131; Plants - 88; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 249 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:643063..643972 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22168.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 197 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKKNLYFRYK PDVIKGDMDS IRRDVLDFYI NLGTKVIDES HDQDTTDLDK CILYIRHSTL NQETSGLQIL ATGALGGRFD HEAGNLNVLY RYPDTRIVLL 101: SDDCLIQLLP KTHRHEIHIQ SSLEGPHCGL IPIGTPSAKT TTSGLQWDLS NTEMRFGGLI STSNLVKEEK ITVESDSDLL WTISIKKTGL SIQDHTP |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)