AT1G01670.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.994 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity; INVOLVED IN: protein ubiquitination; LOCATED IN: ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: U box domain (InterPro:IPR003613); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT3G61390.2); Has 3857 Blast hits to 3144 proteins in 246 species: Archae - 4; Bacteria - 101; Metazoa - 863; Fungi - 177; Plants - 1725; Viruses - 10; Other Eukaryotes - 977 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:242943..245163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41866.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 365 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTPSSSGLEQ SEIDAIQELE QTSRNDTLLK YHDICIDEGV IEQDVDMSCF SANSVGEWIV ELIYQNNIKK LIMGATADSH YSEGMVHITP TKADYVIQHA 101: PHCCNIWLVC NGNLIQTREG RFEHAGSAYS SSSSLHSIDS ALIPYGGAGR AERVTEPHAL SSSEEQSARG IEKMYYEEQR RRLEIEELKR EKEQRDKMRR 201: VREEALSSSS GVTKILYNEE VMRRREVEAE LNRAKAEIED MKRVQIELKE QHYADCRLLE KERDEAIKTT EELLRALEKG ESSIPLQWSV SIEPPQCFIC 301: PISKDIMQNP HVAADGYTYE ADEFRRWLNH GGEKSPMTNL RLENRNLIPN LVLRSAIKDW LQQHP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)