AT1G01640.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.477 cytosol 0.425 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : BTB/POZ domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Putative role in flower development. Comparison of SALK_011721C to Columbia wild type resulted in a trend toward earlier flowering in the mutant (P=0.1) (Stapleton and Woodruff 2009, personal communication). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
BTB/POZ domain-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: BTB/POZ (InterPro:IPR013069), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), Kelch related (InterPro:IPR013089), BTB/POZ-like (InterPro:IPR000210); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: BTB/POZ domain-containing protein (TAIR:AT3G56230.1); Has 4339 Blast hits to 4265 proteins in 145 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 3351; Fungi - 8; Plants - 720; Viruses - 35; Other Eukaryotes - 225 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:231164..231915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23373.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 207 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTEAEQKAAF LGGLVVSFKE QMHTDVLVKP GEEAPPIPTH KAVLAARSKV FRNMLDSDEC KTSPEESITL PDLSHDELKS LLEFLYSGNL KAPYNQYRSL 101: YLAADKYDIS YLQDVCRNHF IASLSSRNVL DILELASIPC DTILKDAAIN HIVKHMEEVV VPMKYETFVQ RNPDLSVEIT RAYLRETKAK AKDHGAPLNG 201: NTRPRIW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)